Предприятие проводит работы, связанные с обращением с отработавшим ядерным топливом и радиоактивными отходами, накопленными в процессе деятельности Военно-Морского Флота, образующимися при утилизации атомных подводных лодок и надводных кораблей с ядерными энергетическими установками, а также работы по экологической реабилитации радиационно-опасных объектов.

В рамках утилизации АПЛ и судов АТО, ФГУП «ФЭО» решает ряд серьезных вопросов:

• Безопасное хранение реакторных блоков утилизированных атомных подлодок (АПЛ) и судов атомно-технологического обслуживания (АТО), выведенных из состава ВМФ.
• Выполнение работ по реабилитации загрязненных объектов и территорий.
• Эксплуатация сооружений, объектов и оборудования в процессе обращения с ОЯТ и РАО.
• Строительство комплексов (зданий и сооружений), предназначенных для проведения ядерно-опасных и радиационно-опасных работ по обращению с ОЯТ и РАО.
• Хранение и переработка ОЯТ и РАО в хранилищах предприятия.
• Содержание и развитие технологической, производственной и научной базы предприятия.
• Обеспечение ядерной и радиационной безопасности при обращении с ОЯТ и РАО.
• Международное техническое и научное сотрудничество в области хранения и переработки РАО и ОЯТ.